以下是一个房地产行业土地增值税清算的典型案例，结合政策要求和实务操作进行解析，供参考：
案例背景
某房地产开发企业A公司开发“XX住宅项目”，项目分两期开发，总可售面积10万平方米，其中一期（普通住宅）6万平方米，二期（非普通住宅及商铺）4万平方米。项目于2018年开工建设，2021年全部竣工并销售完毕。现达到土地增值税清算条件（全部销售完毕），进行税款清算。
清算核心数据
收入确认
一期普通住宅：销售收入12亿元（均价2万元/㎡）
二期非普通住宅及商铺：销售收入15亿元（均价3.75万元/㎡）
总销售收入：27亿元（已全额开具发票并签订合同）。
扣除项目
取得土地使用权支付金额：5亿元（已取得合规票据）。
房地产开发成本： 土地征迁费：1亿元
前期工程费：0.8亿元
建筑安装费：7亿元
基础设施费：1.2亿元
公共配套费：0.5亿元
开发间接费用：0.5亿元
合计：11亿元
房地产开发费用（按比例扣除）： 利息支出0.6亿元（能按项目分摊且提供金融机构证明），其他费用按（土地款+开发成本）×5%扣除。
开发费用 = 0.6亿 + (5亿+11亿)×5% = 1.4亿元
加计扣除：（土地款+开发成本）×20% = (5亿+11亿)×20% = 3.2亿元
税金及附加：已缴纳营业税及附加、印花税合计1.35亿元。
扣除项目总额：
5亿（土地） + 11亿（成本） + 1.4亿（费用） + 3.2亿（加计） + 1.35亿（税金） = **21.95亿元**
土地增值税计算（分类型清算）
1. 普通住宅（一期）
收入：12亿元
扣除金额：按面积分摊（6万㎡/10万㎡）×21.95亿 = 13.17亿元
增值额：12亿 - 13.17亿 = -1.17亿元（无增值，不征税）
2. 非普通住宅及商铺（二期）
收入：15亿元
扣除金额：21.95亿 - 13.17亿 = 8.78亿元
增值额：15亿 - 8.78亿 = 6.22亿元
增值率：6.22亿 / 8.78亿 ×100% ≈ 70.84%
适用税率：增值率50%~100%，适用税率40%，速算扣除系数5%。
应纳税额：
6.22亿×40% - 8.78亿×5% = 2.488亿 - 0.439亿 = **2.049亿元**
清算结果
普通住宅：增值额为负，免征土地增值税。
非普通住宅及商铺：应缴土地增值税 2.049亿元。
企业已预缴税款：1.5亿元（需补缴 0.549亿元）。
关键要点解析
分类型清算：普通住宅与非普通住宅需分开计算，普通住宅增值率≤20%可免征（本例因增值额为负直接免征）。
扣除项目分摊：按可售面积比例分摊共同扣除项，成本归集需符合《土地增值税暂行条例》要求。
利息扣除：若利息无法分摊或证明，则按（土地款+开发成本）×10%整体扣除。
税务风险提示： 公共配套设施需提供移交证明，否则不得扣除；
销售价格明显偏低需按税务机关核定调整；
清算后销售尾盘需再次申报。
政策依据
《土地增值税暂行条例》及实施细则
国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）
如需进一步分析具体环节（如成本分摊方法、特殊事项处理），可补充说明需求。