制造业企业在销售废料时未申报增值税可能面临以下风险及补缴成本，需高度重视：
一、主要风险
税务稽查风险
税务机关通过比对生产数据（如原材料投入与产成品产出比例）或下游企业发票信息，可能发现废料销售未申报的异常。
金税系统的大数据分析能力可追踪资金流和发票流向，增加被稽查概率。
补税与滞纳金
增值税补缴：废料销售需按适用税率（一般纳税人13%或小规模纳税人3%）补缴税款。
滞纳金：按日加收万分之五（年化约18.25%），从滞纳税款之日起计算。
罚款处罚
根据《税收征管法》第63条，偷税行为可处不缴或少缴税款50%以上5倍以下罚款；情节严重者可能面临刑事责任。
信用评级下调
纳税信用等级可能被降级，影响企业贷款、招投标等经营活动。
刑事责任风险
若涉及故意隐匿收入、虚开发票等，可能触犯《刑法》第201条（逃税罪），面临刑事责任。
二、补缴成本测算（示例）
假设某企业2022年未申报废料销售收入100万元（不含税），适用13%增值税税率：
应补增值税：100万×13% = 13万元
滞纳金（假设逾期1年）：13万×0.05%×365天 ≈ 2.37万元
罚款（按最低50%计算）：13万×50% = 6.5万元
合计补缴成本：13 + 2.37 + 6.5 = 21.87万元（占收入的21.87%）
三、合规建议
及时自查补报
若存在历史未申报收入，主动向税务机关补报并缴纳税款，可避免罚款（依据《税收征管法》第52条）。
规范账务处理
废料销售需通过“其他业务收入”科目核算，并开具增值税发票（普票或专票）。
完善内控流程
建立废料出入库登记制度，确保销售记录与申报数据一致。
税收优惠政策利用
符合条件的资源综合利用企业可申请增值税即征即退（需符合《资源综合利用目录》）。
四、特殊情形处理
关联交易定价：若废料销售给关联方，需遵循独立交易原则，避免被核定调增收入。
跨期收入：以前年度未申报收入需追溯调整，补缴税款可能涉及企业所得税调整。
提示：具体风险与成本因企业实际情况而异，建议结合税务师或律师的专业意见，制定合规方案。